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生物信息学作业二(二)


生物信息学实验作业 二

1. 了解什么是 BLAST,它有哪些应用。
答:Blast,全称 Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算 法的搜索工具”,由 Altschul 等人于 1990 年发布。Blast 能够实现比较两段核 酸或者蛋白序列之间的同源性的功能, 它能够快速的找到两段序列之间的同源序

列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast 具有较快的比对速度和较 高的比对精度, 适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对分析中应用最为 广泛。可以毫不夸张的说,blast 是做比较基因组学乃至整个生物信息学研究所 必须掌握的一种比对工具。 Blast 的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为 database,里面的 每一条序列称为 subject),然后用待查的序列(称为 query)在 database 中搜 索,每一条 query 与 database 中的每一条 subject 都要进行双序列比对,从而 得出全部比对结果。 Blast 的应用:Blast 是一个集成的程序包,通过调用不同的比对程序,blast 实现了五种可能的序列比对方式: Blastp:蛋白序列与蛋白库做比对,直接比对蛋白序列的同源性。 Blastx:核酸序列对蛋白库的比对,先将核酸序列翻译成蛋白序列(根据相位可 以翻译为 6 种可能的蛋白序列),再与蛋白库做比对。 Blastn:核酸序列对核酸库的比对,直接比较核酸序列的同源性。 Tblastn:蛋白序列对核酸库的比对,将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,比对 蛋白序列的同源性。 Tblastx:核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对,将库和待查序列都翻译成蛋白 序列,然后对蛋白序。 Blastclust:通过 blast 聚类。

Blast 提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式,同时具有较快的比对速 度和较高的比对精度, 因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛。可以毫不夸 张的说,blast 是做比较基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比 对工具。

2. 请在 NCBI 中查找你感兴趣的某一基因或蛋白, 通过 BLAST 工具检 索与其高度相似的序列,并将你查到的这一基因或蛋白与你检索 到的与其相似的序列(其中一条)的比对结果列出来,简单说明 序列比对评分和检索过程。
答:

过程:
(1)在 NCBI 下载一条序列(用 FASTA 格式) (2)在 BLAST 中载入该序列文件 (3)调节各种参数 (4)点击 BLAST 进行比对


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